Если я правильно понял, У Вас ЦШ Алмаатинская самодельная, не из моего набора? Тогда хорошо бы здесь выложить точную схему того варианта, что у Вас собран.
Ну а методика поиска причины странностей поведения традиционная - разделяй и проверяй
Т.е. поиск неисправности ЦШ нужно проводить отдельно , а ГПД - отдельно. Так неисправности "плавающие", то придётся искать самостоятельно методом "инженерного тыка"...
И применять для контроля работы устройства максимально возможное количество измерительных приборов - как минимум осциллограф (контроль формы, уровня и частоты сигнала) , однозначно исправный частотомер (контроль частоты сигнала, её кратковременной и долговременный стабильности), диодный пробник (контроль уровня сигнала), подключаемые к разным точкам контроля через минимально возможную ёмкость и/или развязывающие сопротивления