Это хорошо, что Вам понравилась работа основной платы в режиме приема, по вот плохо то, что Вы, как и многие другие коллеги, невнимательно читаете прилагаемые инструкции по сборке и настройке и описания узлов.
А ведь там есть ответы почти на все Ваши вопросы. Я уже не говорю о том, что многое уже обсуждалось здесь на форуме. 
Итак, отвечаю по порядку заданных вопросов 1. Цитата из руководства синтезатора:
"устанавливается частота генератора детектора для нижней боковой. IF LSB в телефоне (SSB) и цифре (DIGI), как правило, она устанавливается примерно на 300 Гц ниже нижней границы полосы пропускания КФ по уровню -6дБ. Изменение параметра перестройкой валкодером. Шаг перестройки можно изменить кнопкой STEP.
После установки нажимаем кнопку MODE. Во второй строке будет сообщение «*STORE*» и контролер перейдёт в установку IF USB. В телефоне (SSB) и цифре (DIGI), как правило, она выставляется примерно на 300 Гц выше верхней границы полосы пропускания КФ по уровню -6дБ
IF CWL в телеграфе (CW), при одном КФ частота = IF LSB
IF CWU в телеграфе (CW) , при одном КФ частота = IF USB"
Что здесь непонятно ?
Отдельного телеграфного КФ у нас нет, более того генератор опорной частоты у нас не переключаемый, т.е. в штатном включении и смены боковой не предусмотрено, т.е. в меню достаточно выставить только значения IF LSB=IF CWL=DIGI примерно на 300 Гц ниже нижней границы полосы пропускания КФ по уровню -6дБ2. Да для компенсации потерь и повышения чутья на верхних диапазонах. Цитата из описания платы ПДФ https://us5msq.com.ua/kv-transiver-step-ii-plata-pdf/
"Потери сигнала в полосе пропускания на верхних диапазонах не превышают 4 дБ, а на нижних – не более 6 дБ. Последнее сделано специально путем уменьшения межконтурной ёмкости связи для выравнивания уровня выходного сигнала ПУМ в режиме ТХ и, в общем-то полезно и в режиме приёма, т.к., частично компенсирует повышенный уровень шумов и помех на НЧ диапазонах. С этой же целью сделана частотная коррекция усиления и в УВЧ, выполненном на транзисторе VT3 по типовой трансформаторной схеме. При указанной на схеме величине конденсатора С95 коэффициент усиления УВЧ плавно изменяется от +6 дБ на диапазоне 1,8 МГц до +15 дБ на диапазоне 28 МГц."
3.САТ. Реализован протокол Кенвуда. Подключение к компьютеру производится через СОМ-порт. Настройки стандартные. Скорость 115200(!) В настройках логгера нужно включить РТТ через САТ команду. В программе WSJT-X в настройках выбирать трансивер KENWOOD TS-50S или T-S140.
Подключение по CAT интерфейсу позволяет управлять настройкой некоторыми функциями синтезатора с компьютера и наоборот, считывать информацию в компьютер - погуглитесь, в интернете много информации по теме.
А вот видео от Вячеслава по подключению Ёжика к компу https://www.youtube.com/watch?v=Wf_ALLfpNgY&t=8s
Я "цифрой" и подключением к компьютеру никогда не занимался, так что подсказать ничего не смогу. Единственно, что хочу заметить, что в отсутствие физического COM-порта подключиться через кабель конвертер COM-USB будет проблематично, поскольку не все современные кабели не обеспечивают 100% эмуляцию COM-порта
4.Цитата из инструкции к плате ФНЧ: " Допустимым считается согласование, если показания индикатора на превысят 20% от максимальных, что соответствует КСВ примерно равному 2.
Преимущество КСВ-метра на основе резистивного моста над классическими, кроме простоты реализации, в том, что при любых аварийных ситуациях при настройке антенной цепи (вплоть до обрыва или короткого замыкания), что отнюдь не редкость при подключении случайных антенн, КСВ на выходе транзисторного УМа не превысит 2, т.е. УМ остаётся надёжно защищённым. "
5. пайка обеспечивает лучшее качество и надежность сильнотоковых ВЧ соединений. Впрочем сейчас доступны разные виды малогабаритных ВЧ разъёмов и если очень хочется, почему нет?
